Թոմաս Ջեֆերսոնն իրեն առաջին հերթին համարում էր «հողի մարդ»: Նրա կարծիքով, հողի աշխատավորները  Աստծո ընտրյալներն են: Իր ժամանակի համար Ջեֆերսոնը եզակի էր, քանի որ խորությամբ գիտակցում էր մարդկության և շրջակա միջավայրի կապը և դրանց փոխազդեցությունը: Այս իմաստությունը և հետագայում նրա կիրառած նորարարությունները, ինչպիսիք են՝ ցանքաշրջանառությունը, պարարտանյութերի օգտագործումը և եզրային վարը, Ջեֆերսոնին բնորոշում են իբրև Ամերիկայի  պիոներ գյուղատնտեսներից մեկը:

Ջեֆերսոնն առաջին ամերիկացիներից էր, ով գիտակցում էր, որ իր մայրցամաքի հարստությունները սահմանափակ են:  Նա հավատացած էր, որ եթե պետությունն ու քաղաքացիները ցանկանում են  շարունակել վայելել Նոր աշխարհի բարիքները, ապա դրա ռեսուրսները պետք է խնայողաբար օգտագործվեն:

Ջեֆերսոնի ժամանակաշրջանում համեմատաբար քիչ ֆերմերներ էին մտահոգված  կենսական տարրերը հողին վերադարձնելու հարցով այնպիսի մեթոդների կիրառմամբ, ինչպիսիք են բերքահավաքը, ցանքաշրջանառությունը և պարարտանյութերը: Իրականում, այդ ժամանակ Վիրջինիա նահանգի Պիեմոնտ տարածաշրջանն արդեն հայտնի էր անբարենպաստ գյուղատնտեսական պրակտիկայով, քանզի շատ կարճ ժամանակահատվածում այն  բացվել էր Եվրոպայի համար, և  ծխախոտը դարձել էր տարածաշրջանի գլխավոր մշակաբույսը: Առօրյա կիրառություն ունեցող եգիպտացորենի հետ մեկտեղ այն քայքայել էր արգասաբեր հողը: Սողանքային հողերը մաքրվել էին բնական բուսականությունից, իսկ միևնույն մշակաբույսերի շարունակական  տնկումը բերել էր հողի էրոզիայի։

Ծխախոտի և եգիպտացորենի անվերջ հաջորդականությունը հանգեցրել էր  կուսական հողի մեծ մասի ոչնչացմանը մինչջեֆերսոնյան ժամանակները: «Ես բնակվում եմ մի բարձրավանդակում, որը հողի մշակման մոտ վաթսուն տարվա պատմություն ունի։ Այդ ընթացքում հիմնականում մշակվել է ծխախոտ ու հնդկական եգիպտացորեն, քանի որ դրանք բավարար էին աշխատողներին վճարելու համար»:

Ջեֆերսոնին մտահոգում էր ոչ միայն հողից ստացվող բերքը, այլ նաև այն, թե ինչ հետևանքներ կունենար հողի շահագործումը հետագա սերունդների համար: Հակառակ իր ժամանակակիցների` նա գիտակցում էր, որ Միացյալ Նահանգների արգասաբեր հողն անսահման չէ: 1793թ. Ջորջ Վաշինգտոնին ուղղված իր նամակում նա արտահայտում է իր վերաբերմունքը. «Մեզ համար մեկ ակր նոր հողի ձեռք բերումը կարող է ավելի մատչելի լինել, քան հին հողակտորի պարարտացումը»: Այսպիսով, նա մշտապես փորձարկումների կենտրոնում էր՝ պարարտանյութերի օգնությամբ փորձելով հողին վերադարձնել  նախկին արտադրողականությունը:

Քաջ գիտակցելով, որ կենդանական գոմաղբն ի զորու է վերականգնելու  հողը՝ նա փորձեր արեց` որոշելու համար, թե կոնկրետ հողատարածքի համար ինչ քանակությամբ կենդանիներ են անհրաժեշտ: Այնուհետև նա չափեց դրա արդյունավետությունը՝ համեմատելով գոմաղբով պարարտացված հողի բերքը միևնույն մակերեսով, սակայն չպարարտացված հողակտորից ստացված բերքի հետ:

Ջեֆերսոնն առաջին ամերիկացիներից էր, ով առաջ քաշեց ցանքաշրջանառությունը որպես հողի նորացման միջոց: Նա իր հողակտորի համար մշակեց յոթամյա մի ծավալուն ծրագիր, որը բաղկացած էր հետևյալ կետերից.

1. Ցորեն, որին պետք է հաջորդեր շաղգամը, ինչն էլ կեր պետք է հանդիսանար ոչխարների համար
2. Եգիպտացորենը և կարտոֆիլը կարող էին ցանվել միաժամանակ, իսկ աշնանը խոլորձը կարող էր որպես անասնակեր պահվել գարնան համար, կամ էլ կիրառվեր որպես սոուս
3. Պետք էր ցանել սիսեռ կամ կարտոֆիլ, կամ էլ երկուսը միաժամանակ՝ կախված հողի որակից
4. Տարեկան, որի վրա գարնանը պետք է երեքնուկ ցանվեր: Տարեկանը կարելի էր փոխարինել ցորենով
5. Երեքնուկ
6. Աշնանը երեքնուկին փոխարինում էր խոլորձը
7. Գարնանը խոլորձի փոխարեն ցանվում էր հնդկացորեն

Ջեֆերսոնը ցանքաշրջանառության այս համակարգը կիրառում էր հատիկաընդեղենների ու խոտերի համար՝ այսպիսով փորձելով կանխել հողերի սողանքը, բարելավել ինտենսիվ օգտագործված իր  հողատարածքը, ինչպես նաև լավագույնս ապահովել շրջակա միջավայրի և բույսերի միջև համապատասխանությունը:

Նորաստեղծ Միացյալ Նահանգներում Ջեֆերսոնը գիտական վարի առաջին մշակողներից էր: Նրա ժամանակի գութանները փայտից պատրաստված կոպիտ գործիքներ էին, որոնք հազիվ էին փորում հողը: Մակերեսային այս վարը պարզապես փխրեցնում էր հողի վերին հատվածը, ինչն առաջին իսկ հորդառատ անձրևի դեպքում հողը ենթարկում էր սողանքի: Այս խնդրին լուծում տալու նպատակով նա ստեղծեց ցածր դիմադրություն ապահովող իրանային գութանը, որը հարթ մակերեսի և հատուկ անկյան շնորհիվ թույլ էր տալիս փորել և շրջել ճիմահողը: Այս գործիքի օգնությամբ նա հողը փորում էր 15.24 սմ խորությամբ: Սա ֆերմերներին թույլ էր տալիս եզրային ակոսներ անել էրոզիայի ենթակա դաշտերում, փխրեցնել ծանծաղ փոսերը և ակոսել հարթ հողերը, որոնցում ջրահեռացումը վատ էր կատարվում:

Ջեֆերսոնն առաջիններից էր, ով գութանն օգտագործում էր հորիզոնական և եզրային վար անելիս և այս մեթոդը քարոզում էր ֆերմերներին. «Մեր երկիրը լեռնոտ է, և մենք մշտապես հողը վարել ենք ուղիղ շարքերով թե՛ դեպի վեր, թե՛ դեպի ներքև՝ թեք գծերով կամ ինչպես որ պատահի, ինչի արդյունքում մեր հողերը արագ թափվում էին գետերը: Այժմ մենք հորիզոնական վար ենք անում՝ հետևելով  բլուրների և հովիտների կորությանը: Հարթ մակերևույթի վրա, այնուամենայնիվ, կարող են առաջանալ կոր գծեր: Այսպիսով, յուրաքանչյուր ակոս հանդես է գալիս որպես պահեստ, որտեղ պահպանվում է ջուրը, որն ամբողջությամբ ծառայում է աճող բույսի շահերին, այլ ոչ թե հոսում է դեպի առվակները:  Հորիզոնական և խորը վարած ֆերմաներում հողի ոչ մի թիզ չի կորչում»:

Ջեֆերսոնը մշտապես փնտրում էր նոր մշակաբույսեր, որոնք կարող էին հարմարեցվել ԱՄՆ-ի կլիմայական և լանդշաֆտային պայմաններին։ Ֆրանսիայում որպես դեսպանորդ հանդես գալու ընթացքում նա նորաստեղծ ԱՄՆ-ի գյուղատնտեսական միություններին, ֆերմերներին և բուսաբաններին ուղարկում էր խցանակաղնու պտուղներ, զեյթունի տնկիներ, տարբեր խոտերի, մրգերի և բանջարեղենի բազմատեսակ  սերմեր։ Հայտնի է, որ Ջեֆերսոնը Իտալիայից անօրինական ճանապարհով  դուրս էր բերել իտալական բրնձի սերմեր և նվիրաբերել Հարավային Կարոլինայի գյուղատնտեսներին՝ սկիզբ դնելով աշխարհում լավագույն բրնձի արտադրությանը։ Նրա շնորհիվ ԱՄՆ-ի արևելյան նահանգներ ներմուծվեց Պեկան տեսակի ընկուզենին, որն աճեցվում էր Իլինոյսում, Վաբաշում, Օհայոյում և Միսիսիպիում, և այնուհետև բաշխվում Վիրջինիայի ողջ տարածքով։ Ջեֆերսոնին են վերագրում բանջարեղենի՝ ներկայում լայն տարածում ստացած այնպիսի տեսակների ներմուծումը ԱՄՆ, ինչպիսիք են  բրյուսելյան կաղամբը, սմբուկը, ծաղկակաղամբն ու բրոկոլին։

Ակնհայտ է, որ Ջեֆերսոնը խիստ կարևորում էր այդ գործունեությունը՝ նշելով, որ «Լավագույն ծառայությունը, որ կարող է մատուցվել երկրին, վերջինիս մշակույթին պիտանի մշակաբույսի ավելացումն է։ Ազգը շատ ավելի բարձր է գնահատում նման ծառայությունը, քան պատմության էջերից հայտնի նշանավոր հաղթանակները։ Պատկերացրեք, թե ինչ հուզմունք են ապրում այն անձինք, ովքեր իրենց լուման կարող են ունենալ այդ ազգանվեր գործում»։

Ջեֆերսոնը խրախուսում էր գյուղատնտեսական միությունների  ստեղծումը՝ որպես հողերի արդյունավետ  կառավարման միջոց։ Նա խիստ կարևորում էր  ամերիկյան համալսարաններում գյուղատնտեսական բարձրորակ կրթությունն ու հետազոտական աշխատանքների իրականացումը

«Սա կարևոր գիտություն է, որն առանձնակի ուշադրության է արժանի։  Երբեք չի կարելի անտեսել վերջինիս  նշանակությունն  առավել արժևորված այնպիսի գիտությունների շարքում, ինչպիսիք են քիմիան, բնագիտությունը, բուսաբանությունը։ Քոլեջ լինի, թե համալսարան, յուրաքանչյուրը պետք է խստորեն արժևորի գյուղատնտեսության ոլորտի դասախոսական կազմի և ուսանողների կարևորությունը»։

Ջեֆերսոնի սեփական այգիները ծառայում էին որպես լաբորատորիա, որտեղ վերջինս բույսերի բազում տարատեսակների  փորձարկումներ էր իրականացնում ։ Նա տնկել է մրգերի 170 և բանջարեղենի 330 տեսակ` ներառյալ լոբու 40, մառոլի 17, ինչպես նաև անգլիական ոլոռի 20-ից ավել տարատեսակ։ Մանրամասն գրանցումներ է կատարել գյուղատնտեսական մատյաններում 1767-ից 1824 թվականների ընթացքում` նշելով բույսերի տնկման, բողբոջելու և բերքահավաքի ամսաթվերը։ Արձանագրություններից մեկում նա նույնիսկ հաշվարկել էր և պարզել, որ մեկ պինտա ստանալու համար հարկավոր է 2500 ոլոռի հատիկ։ Այս բարդ հաշվարկների արդյունքում նա կարողացել էր որոշել, թե մեկ  պինտա սերմից քանի շարք կարելի է տնկել։

Ագրոնոմիան Ջեֆերսոնի կյանքի ուրախությունն էր հանդիսանում, և վերջինս վեր էր դասում գյուղատնտեսական գործունեությունն աշխարհիկ գործընթացներից։ «Չկա առավել հաճելի զբաղմունք, քան ծանոթացումը երկրի մշակույթին, և չկա մշակույթ, որը հնարավոր լինի համեմատել այգու մշակույթի հետ»։

Ջեֆերսոնը փորձարկումներ էր կատարում նաև խաղողագործության և գարեջրագործության ոլորտում։ Գինին նրա ամենասիրած ըմպելիքն էր, իսկ գարեջուրն ու էյլը՝ ամենասիրած ճաշատեսակը։ Բնականաբար, այս ոլորտի նկատմամբ ևս նա ցուցաբերում էր գիտական մոտեցում։

«Ես հիացմունք էի ապրում յուրաքանչյուր անգամ, երբ նկատում էի գիտության առկայությունը մեր ամենօրյա կյանքում։  Առ այսօր քչերն են ուշադրություն դարձրել կենցաղում քիմիայի նշանակության վրա։ Իրականում, մենք առօրյա մի շարք հարմարավետությունների համար հենց քիմիային ենք պարտական, այլապես ինչպե՞ս կպատրաստեինք  հաց, կարագ, պանիր, օճառ, գարեջուր, սիդր, գինի, քացախ և այլ մթերքներ։ Թորման արվեստը, օրինակ, կենցաղում կիրառվելուց զատ, արժեքավոր է գյուղատնտեսների համար, քանզի վերջինիս շնորհիվ նրանք կարողանում են հացահատիկների ավելցուկը վերածել այնպիսի զանգվածի, որն, ի տարբերություն հումքի, բավականին կայուն է երկարատև փոխադրման նկատմամբ։

Կառավարության վերաբերյալ Ջեֆերսոնի գաղափարներից շատերը հիմնվում են հողի և մարդկանց միջև փոխհարաբերության վրա։ Նա զգում էր, որ որքան մոտ էին մարդիկ հողին, նրանք այնքան ավելի հակված էին  «բնական» կյանք վարելուն և ավելի լավ էին գիտակցում իրենց բնական ու անկապտելի իրավունքները։ Եվ, ի վերջո, նրանք իրենց մոտ էին զգում այդ իրավունքների աղբյուրին՝ Աստծուն։

ԱՄՆ-ի տեսլականը, ըստ Ջեֆերսոնի, կենտրոնանում է կրթված, մանր ագարակատիրոջ վրա։